在小五郎的带领下，柯南一行人来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古流传着一则有关于沉没在海底的古代遗迹“海底宫殿”，以及300年前实际存在的女海盗“安‧宝妮”、“玛莉‧丽德”所遗留下来的宝藏传说。
在海底宫殿附近的海底享受潜水乐趣的小兰和园子，意外遇到了一群正在寻找宝物的宝藏猎人，不料其中一名猎人突然遭到鲨鱼群的攻击，小兰和园子虽然幸运逃离，但该名猎人最后还是不幸身亡，闻讯赶来的柯南发现这名猎人的死因相当诡异，于是便与灰原一起展开调查。
这名猎人是否是因为海盗留下来的宝藏而遭到杀害？柯南等人一边寻找着行踪诡异的猎人下落，一边试图解开那则疑似为整个事件起因的宝藏传说，以及案发现场海底宫殿的谜题。
经过一番调查之后，他们找到了一个神秘的名词“JOLLY ROGER（海盗旗）”，正当柯南就快要将整个传说的谜题解开之际，原本被发现的部分宝藏却突然遭神秘猎人夺走。这些猎人的魔掌，最后甚至伸到了小兰和园子身上，他们的目的究竟是？
隐藏于传说中的讯息究竟为何？海底宫殿又有什么秘密？穿越300年时光的暗号，即将由柯南一一解开！
青山刚昌原作“名侦探柯南”，自从1994年于周刊少年SUNDAY开始连载，迄今已经进入第14个年头，除了打破周刊少年SUNDAY史上最长的600回连载记录外，其单行本漫画之发行量更是超过了1亿册。电视版动画则是从1996年1月起，于读卖电视台与日本电视台播出至今，收视率依旧亮丽，无论在日本还是台湾，皆受到观众们不分男女老少的喜爱，可说是无人不知的超人气国民动画。至于柯南动画作品中制作规模最浩大的“名侦探柯南剧场版”系列，则将于2007年展开历史的新页：名侦探柯南剧场版“绀碧之棺”，融合了悬疑推理、历史谜题、动作冒险等众多要素，巧妙构造出前所未有的精彩剧情，是一部难得一见的动画钜作！
