超人神秘离去几年之后又回来了，但这时人们已经习惯没有超人的生活了。超人心痛地发现自己的女友已嫁他人；还有超人的死对头也在酝酿他的新阴谋：让超人永远失去超能力！面对打击和困难，超人为了让他所热爱的地球家园不被洪水毁灭，超人毅然下深海、上太空……拯救人类！

一直想寻根的超人（Brandon Routh饰）返回了氪星，希望可以找到其他同伴，但那里的一切早已不复存在。而这一去便是5年。5年后，超人回到了地球，但是周遭的一切已经改变。他发现地球已经习惯了没有超人的保护，他一直爱慕的路易丝（Kate Bosworth饰）因为馔写了一篇“为什么世界不需要超人”的报道而获得普利策大奖。更令他心碎的是，她已经与主编的侄子订婚，而且是一个5岁孩子的母亲了。另一边，他的死对头莱克斯（Kevin Spacey饰）利用卑鄙手段骗取了巨额遗产，企图卷土重来。在南极莱克斯找到了超人父亲的线索，以及一块含有超级能量的水晶，妄想借助水晶的力量控制地球。超人能否战胜心魔，再一次挽救地球于水火？