《魔王2099》的故事背景设定在统一历2099年，地点是一个名为新宿市的未来都市。这个都市融合了魔导技术和科学技术，形成了一个高度发达的赛博朋克世界。尽管城市表面光鲜亮丽，科技繁荣，但隐藏在其背后的却是人性和社会的黑暗。传说中的魔王贝尔托尔，在被勇者消灭了500年后，再次以新的形态回到这个未来的世界。贝尔托尔的重生不仅仅是为了继续统治世界，更重要的是揭露新宿市背后的黑暗真相。