忍者神龟被一把神奇的魔杖传送到了17世纪的日本，他们将在那里对抗邪恶的Norinaga勋爵，并夺回魔杖拯救纽约市！第三集中，年轻的忍者神龟们回到了17世纪的日本，以解救阿博尔·奥尼尔。在那里，他们同样用自己的本领帮助起义军战胜一个邪恶的首领。