故事发生在战国时代。出生于普通忍者家庭的乱太郎 为不负父母的厚望成为精英忍者而进入学忍术学校。 在那里认识了富商的儿子新兵卫和战争中丧失父母的雾丸，并成为好友，组成了“三人组”。忍术学校的目的是培养“忍蛋”（即小忍者）。 在忍术学校里有教授不同学科，性格各异的老师 ，高年级的天才忍者，女忍者，还有忍犬嘿呣嘿呣，古怪的校长大川平次涡正，十分之热闹！ 乱太郎们三人组在上课和考试中常常失败，并且总是在问为什么（很多问题常常不知所云），但他们仍坚持着并立志成为一流的出色忍者。忍术学校的校长的变幻无常，总是作出奇奇怪怪的决定，因而发生了很多有趣的故事，乱太郎等也常卷入各种各样的事件。 小忍者们充满正义感，面对任何困难都努力解决。《忍者乱太郎》每集各有一个故事，简短、轻松、幽默，很有意思的一部作品。